PCR salivaire comme alternative au frottis naso-pharyngé pour le diagnostic d’infection à SARS-CoV-2 ?

Cette revue systématique avait pour objectif d’évaluer la performance de la RT-PCR à la recherche de SARS-CoV-2 sur des échantillons salivaires par rapport à des échantillons nasopharyngés (standard actuel)

Revue systématique de 16 études, conduites principalement aux USA et dans une moindre mesure en Asie, Europe et Australie. Dix de ces études ont inclus uniquement des patient.e.s ambulatoires tandis que deux se sont intéressées au dépistage chez des patient.e.s asymptomatiques.

Sur un total de 5’922 patient.e.s ayant eu des frottis salivaires et nasopharyngés, 4’981 avaient les deux échantillons négatifs, tandis que 941 avaient un des deux échantillons positifs. Les auteurs ont calculé une sensibilité et une spécificité de 83.2% et 99.2% respectivement pour les échantillons salivaires, et de 84.8% et 98.9% respectivement pour les frottis nasopharyngés

Cette revue systématique suggère que la performance de la RT-PCR sur échantillons salivaires est comparable à celle effectuée sur des écouvillons nasopharyngés et pourrait être utilisée dans notre pratique, facilitant ainsi la collecte de l’échantillon et limitant les complications et la gêne causée aux patient.e.s. Toutefois, l’importante hétérogénéité des études incluses avec sous-représentation des malades hospitalisés, et plus particulièrement en situation critique, limite l’évidence chez ces patient.e.s. De plus, l’expression de l’ARN viral étant prolongée dans la salive par rapport à la muqueuse nasopharyngée, le suivi de la charge virale chez les patient.e.s infecté.e.s ne devrait pas être réalisé sur ce type d’échantillon (salivaire).

Dans notre institution, le test nasopharyngé reste le test actuel de référence et les prélèvements salivaires doivent être réservés à des situations particulières.